Giai đoạn 1954 - 1975

Việt Nam Cộng hòa

Năm 1958, quận Phước Long có Tổng Thanh Yên trong đó có xã Ninh Thạnh Lợi.

Từ năm 1976 đến nay

Ngày 25 tháng 07 năm 1979, Hội đồng Chính phủ ban hành Quyết định số 275-CP[3] về việc điều chỉnh địa giới một số xã của huyện Hồng Dân thuộc tỉnh Minh Hải: Chia xã Ninh Thạnh Lợi thành ba xã lấy tên là xã Ninh Thạnh Lợi, xã Ninh Thuận và xã Ninh Lợi.

Ngày 14 tháng 2 năm 1987, Hội đồng Bộ trưởng ban hành Quyết định số 33B-HĐBT[4] về việc phân vạch, điều chỉnh địa giới hành chính một số xã, phường, thị trấn của huyện Hồng Dân, tỉnh Minh Hải: Sáp nhập xã Ninh Thuận và xã Ninh Thạnh Lợi thành một xã lấy tên là xã Ninh Thạnh Lợi.

Quyết định số 483/QĐ-TCCP[5] ngày 09 tháng 11 năm 1990 của Ban Tổ chức Chính phủ về việc điều chỉnh địa giới một số xã thuộc các huyện Hồng Dân và Vĩnh Lợi, tỉnh Minh Hải: Sáp nhập xã Ninh Lợi vào xã Ninh Thạnh Lợi.

Ngày 25 tháng 9 năm 2000, Chính phủ Việt Nam ban hành Nghị định số 51/2000/NĐ-CP, về việc điều chỉnh địa giới hành chính huyện Hồng Dân để thành lập huyện Phước Long, tỉnh Bạc Liêu. Theo đó, xã Ninh Thạnh Lợi thuộc huyện Hồng Dân.